一： 無菌室：無菌室通過空氣的凈化和空間的消毒為微生物實驗提供一個相對無菌的工作環境，無菌室是處理樣品和接種培養的主要工作間，應與細菌檢驗操作室緊密相連。為滿足無菌室無菌要求，無菌間應滿足以下布局：
入口避開走廊，設在細菌檢驗操作室內；
b.與操作室用兩道緩沖間隔開；
c.無菌室與緩沖間均裝有紫外燈，要求每3平米安裝30ｗ紫外燈一盞；
d.無菌室內設有實驗臺中央（實驗臺與邊臺皆可），紫外燈距實驗臺面要小于1.5m；
e.無菌室與操作室之間設有雙層窗構成小通道。
2. 培養基制作室：培養基室是制作、配制微生物培養所需培養基及檢驗用試劑的場所，其主要設備應為邊臺與藥品柜。
a.邊臺上要放置電爐，以滿足熔化煮沸培養基時用；
b.邊臺材料要耐高熱、耐酸堿；
c.藥品柜分門別類存放一些一般藥品及試劑；
d.危險、易腐易燃有毒有害藥品單獨設保險柜存放；
e.邊臺上要放天平，以稱取藥品用。
3. 洗滌消毒室：洗滌消毒室用以消毒洗滌待用與已用之玻璃器皿，培養基及污物，其面積應大于10m2 。
為滿足洗滌消毒的功能，洗滌消毒室應設有：
a.1-2個洗滌池，洗滌池上下水網要暢通；
b.器皿柜或實驗臺，以放置洗滌好器皿；
c.高壓滅菌鍋，其所用電源應滿足用電負荷；
d.室內安有通風裝置（通風柜）或換氣扇；
e.有條件的單位還可在該室內，設供日常檢驗用水蒸餾水器裝置。
4. 理化分析室：（如果沒有條件，這個可以和微生物常規實驗室合并）理化分析室是物理化學分析的主要操作室。
a.實驗臺與細菌操作室要求相同
b.設置通風柜以滿足加熱、消化、干燥、燒灼和化學處理等工作需要；
c.洗滌池。
5. 儀器室：如果沒有條件，這個可以和微生物常規實驗室合并，用以放置顯微鏡、電子天平及理化分析用小型儀器；
要求清潔干燥、防潮防蟲、避光；
b.儀器臺要穩固、牢靠。
二：對于小的企業實驗室，如果沒有更多的房間進行區分，應該可以通過規劃房間分區，以保證實驗室不同工作區（潔凈區和一般操作區）之間有一定區分,因此，最少應保證4個房間或者4個分區。
（1）．洗刷消毒區域，這個區域要求相對獨立，最好以房間間隔，因為這個區域處理廢物，有一定的污染和濕度。
（2）．培養基配制區域，用于培養基的配制，經常有水等，需要相對獨立一些。
一般操作區域，這個是主要操作區域，微生物的試驗結果的觀察，顯微鏡操作，一般的簡單理化操作，儀器設備等，都可以合并在這個房間或者區域進行。
無菌操作區域，無菌間，這個要求獨立。
三：微生物實驗室分區及基本要求
良好的自然通風，必要時應配備抽風機。接種、分離及鑒定細菌等操作應在生物安全柜中進行，對結核桿菌等傳染性極強的微生物學檢驗時必須在100 ％外臨床微生物學實驗室接觸多種有害微生物，為了防止交叉污染，保護工作人員健康，實驗室應至少劃分成3個區。
1、清潔區
包括辦公室、休息室、培養基配制室與試劑儲藏室。此區域禁止帶人細菌檢驗標本。
2、操作區
（1）整潔：微生物操作區是各種病原菌相對集中的地方，為了減少粉塵流動，防止交叉污染，操作區應與外界分開。實驗室工作人員進入操作區應換鞋，送標本人員不進入操作區，操作區地面用專用拖把每天拖1 次，每周用消毒劑擦洗1 次。每天早上工作前，用紫外線照射30 min ，或每天工作后，用紫外線照射60 min ，對整個操作區進行消毒；下午工作結束后用消毒液消毒工作臺面，以保證工作環境的安全清潔。
（2）光線：細菌培養的細小菌落及血清試驗凝集顆粒的觀察， 都需要有充足的光線。操作區除設置常規照明燈外，還必須安裝操作臺燈，以保證實驗結果的正確判斷。
（3） 通風：由于各種病原菌集中，空氣污濁，實驗室要求保持排的生物安全柜中進行。
（4）溫度和濕度：由于無菌操作的要求，實驗過程中經常使用酒精燈，因此，微生物學實驗室不能安裝吊扇。為了達到實驗所需的適宜溫度，尤其是滿足某些儀器對溫度濕度的要求，實驗室應安裝空調。
（5）電源：要求提供穩壓、恒頻的電源；根據儀器設備要求，必要時配備不間斷電源。
（6）水源：操作區內須設置水源。用于標本處理（如細菌染色） 的水槽與工作人員洗手用的水槽不能混用。
（7）污染物處理：操作區須備有消毒缸，以處理沾有活菌的玻片等污染物品。檢驗剩余的標本及使用過的帶菌平板、試管均須集中地點安全放置，經消毒滅菌處理后再洗滌或丟棄。
3、無菌區
（1）無菌室應完全封閉，進出無菌室至少要經兩道門，中間隔有緩沖間，無菌室與外間設置一個可開閉的窗口，用于傳遞器具。
（2）無菌室必須保持整潔。工作人員進入無菌室應換專用鞋、專用衣。無菌室使用前須用紫外線消毒30 min ，操作結束后清潔臺面，再用紫外線消毒30 min 。定期用乳酸或甲醛熏蒸，徹底消毒。
（3）無菌室僅用于培養基分裝等無菌操作，不能進行有菌標本的操作。操作人員操作時應嚴格關門，并戴好專用的口罩、帽子。
（4）無菌室內應有空氣過濾裝置，并安裝空調。
食品微生物實驗室必備設備
4、無菌室和超凈工作臺
是實驗室的核心部分，主要為樣品提供保護，保證實驗結果的準確和人員的安全。
四：無菌室
1.無菌室通過空氣的凈化和空間的消毒為微生物實驗提供一個相對無菌的工作環境。無菌室的主要組成設備的空氣自凈器，傳遞窗，紫外線燈等。嚴格的無菌室可能還裝備風彬室等。
2.超凈工作臺
超凈工作臺作為代替無菌室的一種設備，使用簡單方便，為實驗的開展提供一個相對無菌的操作臺。超凈工作臺灣隊根據風向分為水平式和垂直式。
3.培養箱
主要用于實驗室微生物的培養，為微生物的生長提供一個適宜的環境。
4.普通培養箱：一般控制的溫度范圍為：室溫＋５～６５度，又分為電熱恒溫培養箱和隔水式恒溫培養箱。
5.生化培養箱：一般控制的溫度范圍為：５～５０度。
6.恒溫恒濕箱：一般控制的溫度范圍為：５～５０度，控制的濕度范圍為：５０～９０％。可作為霉菌培養箱。
7.厭氧培養箱：適用于厭氧微生物的培養。
8.電熱干燥箱：用于吸管，平皿類玻璃器皿的干熱、滅菌和烘烤。9.高壓蒸汽滅菌器（又叫高壓滅菌鍋）：物品的滅菌。
9.天平：一般要求具備精度達到萬分之一的分析天平。
10.顯微鏡：觀察細菌形態和動力、微生物和微小物品結構的必備儀器。

11.分光光度計：在ＱＳ中用于生產方便面，茶飲料，肉制品，乳制品，棉白糖的企業。
12.酸度計：在ＱＳ中用于生產果蔬罐頭，白沙糖，飲用水類的企業。
13.折光儀:在ＱＳ中用于生產果蔬罐頭，飲料類的企業。
14.恒溫水溫浴鍋:在ＱＳ中用于部分培養溫度需要水浴（如大腸桿菌檢驗）生產方便面，速凍面米食品企業。
15.定氮裝置:在ＱＳ中用于生產乳制品，含蛋白質飲料的企業。
雜質度過濾機:在ＱＳ中用于生產乳品企業。
五：均質器：用于均質樣品，有旋轉刀片式和拍擊式可以選擇。
冰箱
常規玻璃器皿
1.吸管：用于吸取少量液體，常用的吸管為0.1刻度1mL及1.0刻度的10mL吸管。
2.培養皿：為硬質玻璃雙碟，常用于分離培養，蓋與底大小應合適，常用規格為90mm。
3.三角燒瓶與廣口瓶：多用于盛培養基及配制溶液，常用的規格有250mL、500mL、1000mL。
4.燒杯：供盛液或煮沸用，常用的規格為100mL、250mL、500mL、1000mL
5.量筒：用于液體測量，常用規格為100mL、250mL、1000mL
6.試管：用于細菌培養，有多種規格。
7.載玻片蓋玻片：細菌涂片觀察用。
8.試劑瓶：裝試劑用，常用棕色避光
9.其它，如試管架、毛刷、酒精燈、接種針、接種環等
六：實驗室配套常用設備
1.通風柜
2.離心機
3.純水器
4.烘箱
5.低溫冰箱實驗室常用消耗品(凈化工作臺)
七：其他
1.實驗室耗材（槍頭）、振蕩器、菌落計數器、電位 pH計、高速離心機、離心管、試管、巴氏吸管、槍頭盒、培養皿、細胞培養板、酶標版、過濾器、移液管、接種環、接種針、比色皿、培養板、PCR管、量筒燒杯。
2.常用設備，如鐵架臺、升降臺、滴定臺、鑷子、攪拌子、各種刷子、藥勺、濾紙、三腳架、支架，等等。
八：化學試劑和培養基
化學試劑和培養基：參照所執行標準后面的附錄購買所需試劑和培養基，目前所用多為合成干粉培養基，試劑也可以購買到標準配套試劑。